1、購買時，因為功能較多，電路較多，水箱結構復雜，所以價格比普通馬桶價格高。
2、智能馬桶要求馬桶上的瓷質品質較高，以便更好的達到自潔沖洗的功能，所以成本較高。
3、智能馬桶的沖水方式有別于傳統馬桶，所以對水箱內的裝置要求很高，因此造價成本會高一些。那就是價格比較高。維修費用高，老人兒童上手較慢。但是如果經濟條件允許，選擇智能馬桶是一個不錯的選擇。
4、老人、兒童難操作 智能座便器的一側往往配有一個按鈕繁多的操作面板，或是配有一支按鈕更為繁多的遙控器。這就無疑為老人、兒童增加了操作難度。如果誤操作，也許無法順利達到噴水、加熱、除臭等效果，甚至還可能造成產品本身電路故障。
5、目前的智能馬桶蓋大多為圓弧形馬桶，并不適用方形馬桶。并且智能馬桶蓋對水箱與便座前端的距離、安裝孔間距離等具有限制，尺寸不合適的話就無法安裝智能馬桶蓋。
