1、名稱不同：綠本為房地產權共有證，紅本為房屋所有權證，兩者有較大的差距。
2、包含內容不同：綠色房產證針對經濟適用房、福利房等政策性用房。屬于非市場商品房。簡單來說，就是小產權房，享受一系列的福利制度，價格相對來說比較低。但也限制了不少的權益，售賣對象為特定的業主。紅色房產證針對的是市場商品房，房產所有權與土地所有權合一，受到法律保護的，屬于個人的私人財產。
3、性質不同：綠色房產證只具有房屋的使用證，紅色房地產所有證既有房屋使用權，也有國有土地使用權。
4、簽發機關不同：綠色房產證是不動產登記的部門統一發放，紅色房產證是由房地產管理局或人民政府發放的。
5、權利不同：綠本不可以用個人的名義對房子進行買賣，也不能進行銀行的抵押貸款，甚至在國家要求統一收回時，也只能得到相應的補償。而紅證可以依法對所購房屋行使占有、使用、收益和處分的權利，也能進行轉讓、贈與、貸款等行為。
6、更換申請不同：綠本也可以申請轉為紅本，但是必須經過房管局批準補交購房差價，并且辦理換本手續后就可以轉讓或抵押。現在各地綠本換紅本的政策都不盡相同，詳細情況要咨詢當地的房管局，紅本無需換本。
