一是這類房屋的產權很難辦理登記下來，導致業主無法獲得房子的所有權，也就是房屋只能自己居住，不能上市進行交易。
二是當開發商沒有按期還款的話，很容易導致銀行將房屋收回，抵押還貸。如果業主想獲得房屋產權，就意味著自己要替開發商還貸，再來向開發商追償。
購買頂賬房的風險：
一、貸款受阻
如果房子抵押狀態沒有解除，或者備案價格過低（抵押或者備案價格低于你買房子的價格），會導致不能備案，不能備案也就不能貸款。
就算可以正常貸款，貸款額也會小很多。比如：房子賣給你100萬，當時頂賬是80萬，你需要先把20萬給頂賬方，然后那80萬跟開發商做合同，相當于你在開發商那里80萬買的房子，貸款額度就會相應下降。
二、一房多賣
因為頂賬房是用來抵債的，可能會存在開發商和債權方同時售賣同一套房產的情況，出現“一房二賣”甚至“一房多賣”的局面。住的注意的是，購房者買到有問題頂賬房，是不受法律保護的。
所以，在購買購買頂賬房時，一定要確保相關手續的真實性，最好到有關部門去核實下其真實性，以免上當受騙。
核實方式如下：
1、確定房屋的唯一性，消費者在購買時應到房屋管理部門查一下該頂賬房是否有備案登記，各項手續是否完備，是否被抵押貸款過。
2、購買頂賬房，購房合同必須與開發商簽訂。因為頂賬房雖然是由開發商權抵押給了債權人一方的，但房子的產權仍屬于開發商，其他第三方是無法出售該房產的。
3、售房發票必須要開發商出具，這樣一方面可以避免購房者辦理產權時的麻煩，另一方面可防止開發商以未收到房款為由拒不履行合同。
三、訴訟風險
開發商和建筑商、材料商或原料商等供應商直接的關系比較復雜，容易產生債權糾紛，給頂賬房帶來訴訟、查封風險。
已經正常購買了頂賬房的房主，建議盡可能的實際入住，合法占有房屋。因為在司法實踐中，購房款支付比例，是否實際占有等影響到查封的執行。
四、債務糾紛
頂賬房如果是二手房，一定要在購買前確定其是否存在拖欠水費、電費、暖氣費等各方面的費用，做好買前債務清除工作。
